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広井 賀子Noriko Hiroi

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広井 賀子

氏名 広井 賀子
ふりがな ひろい のりこ (Noriko Hiroi)
職名 教授 (Professor)
学位 博士(医学)(東京大学)
専門分野
  • 物理化学
  • システム生物学
  • 定量生物学
略歴
  • 東京理科大学薬学部卒
  • 東京理科大学薬学研究科修士課程修了
  • 東京大学医学系研究科博士課程修了
  • JST ERATO, ERATO-SORST北野共生システムプロジェクト 研究員
  • 欧州分子生物学研究所-欧州生物情報学研究所 研究員
  • 慶應義塾大学理工学部生命情報学科助教 専任講師

広井 賀子

主な研究課題

化学エネルギー、流れ、温度変化といった物理化学的要因が生体で担う役割を、数理モデルやマイクロ流体デバイス、様々なイメージング手法などを用いて調べ、分化や形態形成など、多階層にわたる時空間的な情報の制御に応用して行くことを研究課題としている。独自の仮説として、様々な環境に適応し、進化や多様性を生み出す生命の特徴的な仕組みを「多階層を跨ぐ自発的再構成能の保持」(Auto-reconfigurability in multilayered systems)だと考えている。量子のレベルから細胞の集まりである組織のレベルまで、状況に応じ動的に内在する仕組みをつなぎ替えながら、異なる複数の安定した状態を作り出すことができるという、「生き物らしさ」の理解を進め、社会に応用、還元していく科学と未来に貢献したい。
「微小空間培養システムで長期記憶メカニズムに迫る」(科学研究費 代表)、 「再生医療を目指した神経細胞分化制御における剪断応力の影響」(科学研究費 代表)、「生体高分子と水によって構成される生体内化学反応環境の解析」(公益財団法人サントリー生命科学財団研究助成 代表)、「生体内一分子ロックオントラッキングシステム開発」(カシオ科学振興財団研究助成 代表)、「細胞内構造三次元再構成に向けた高精度測定システムの開発」(公益財団法人コニカミノルタ科学技術振興財団奨励賞 受賞)


主な著書・論文

  • Tanimoto, R., Hiraiwa, T., Nakai, Y., Shindo, Y., Oka, K., Hiroi, N., Funahashi, A. Detection of temperature difference in Neuronal cells. Scientific Reports (2016) 6, doi: 10.1038/srep22071.
  • Sumiyoshi, K., Hirata, K., Hiroi, N and Funahashi, A. Acceleration of discrete stochastic biochemical simulation using GPGPU. Front. Physiol. (2015) 6, doi:10.3389/fphys.2015.00042.
  • Tamura, N., Simon, J.E., Arnab, N., Shenoy, R., Hiroi, N., Boilot, V., Funahashi, A. and Draviam, V.M. A proteomic study of mitotic phase-specific interactors of EB1 reveals a role for SXIP-mediated protein interactions in anaphase onset. Biology Open, (2015) BIOLOPEN/2014/010413
  • Nakai, Y., Ozeki, M., Hiraiwa, T., Tanimoto, R., Funahashi, A., Hiroi, N., Taniguchi, A., Nonaka, S., Boilot, V., Shrestha, R., Clark, J., Tamura, N., Draviam, VM., Oku, H. High-speed microscopy with an electrical tunable lens to image the dynamics of in vivo molecular complexes. AIP Rev. Sci. Instrum. (2015) 86, No. 1, doi: 10.1063/1.4905330
  • Hiroi, N., Swat, M., Funahashi, A. Assessing uncertainty in model parameters based on sparse and noisy experimental data. Front. Physiol. (2014), 5, No. 128
  • Corrigan, A.M., Shrestha, R.L., Zulkipli, I., Hiroi, N., Liu, Y., Tamura, N., Yang, B., Patel, J., Funahashi, A., Donald, A. and Draviam, V.M. Automated tracking of mitotic spindlepole positions show that LGN is required for spindle rotation but not orientation maintenance. Cell Cycle, (2013) 12, No. 16, pp. 2643-2655.
  • Keller, R., Dörr, A., Tabira, A., Funahashi, A., Ziller, M.J., Adams, R., Rodriguez, N., Le Novère, N., Hiroi, N., Planatscher, H., Zell, A. and Dräger, A. The systems biology simulation core algorithm. BMC Systems Biology, (2013) 7, No. 55
  • Takizawa, H., Nakamura, K., Tabira, A., Chikahara, Y., Matsui, T., Hiroi, N. and Funahashi ,A. LibSBMLSim: A reference implementation of fully functional SBMLsimulator. Bioinformatics, (2013) 29, No. 11, pp1474-1476.
  • Takizawa, H., Hiroi, N. and Funahashi, A. Mathematical Modeling of Sustainable Synaptogenesis by Repetitive Stimuli Suggests Signaling Mechanisms in vivo. PloS ONE, (2012) 7, No. 12
  • Hiroi, N., Okuhara, T., Kubojima, T., Iba, K., Tabira, A., Yamashita, S, Okada, Y, Kobayashi, T.J. and Funahashi, A. Physiological intracellular crowdedness is define by perimeter-to-area ratio of sub-cellular compartments. Front. Physiol, (2012) 3, No.293, pp. 1-15
  • Hiroi, N., Klann, M., Iba, K., deHeras Ciechomski, P., Yamashita, S., Tabira, A., Okuhara, T., Kubojima, T., Okada, Y., Oka, K., Mange, RT., Unger, M., Funahashi, A., and Heinz Koeppl. From Microscopy Data to in silico Environments for in vivo Oriented Simulations. EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology (2012) 20122012:7
  • Hiroi, N., Lu, J., Iba, K., Tabira, A., Yamashita, S., Okada, Y., Christoph, F., Oka, K., Koehler, G., and Funahashi, A. Physiological environment induce quick response - slow exhaustion reactions. Front. Physio. (2011) 2:50. doi: 10.3389/fphys.2011.00050
  • Funahashi, A., Matsuoka, Y., Jouraku, A., Takizawa, H., Hiroi, N., Ghosh, S., Kikuchi, N., and Kitano, H. CellDesigner, Amodeling tool of biochemical networks: the design and implementation. SICE Journal. (2010) 49(8).
  • Yamada, H., Ogawa, Y., Ooya, T., Ishimori, T., Osana, Y., Yoshimi, M., Nishikawa, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Amano, H., Shibata, Y., and Oguri, K. Automatic Pipeline Construction Focused on Similarity of Rate Law Functions for an FPGA-based Biochemical Simulator. IPSJ Journal (2010). (2010) 3, 244-256
  • Nordling, T., Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H. Deduction of intracellular sub-systems from a topological description of the network. Molecular Biosystems. (2007) 3 (8).
  • Osana, Y., Yoshimi, M., Iwaoka, Y., Kojima, T., Nishikawa, Y., Funahashi, A., Hiroi, N., Shibata, Y., Iwanaga, N., Kitano, H., and Amano, H. ReCSiP: An FPGA-Based Biochemical Simulator Trans. IEICE J89-D (2007). 90 (7).
  • Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H. Analysis for Dimension-Restricted Kinetics with Bacterial Endonuclease Movement. WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine. (2006) 3 (1).
  • Hiroi, N., Funahashi, A., and Kitano, H. Comparative studies of suppression of malignant cancer cell phenotype by antisense oligo DNA and small interfering RNA. Cancer Gene Therapy. (2006) 13 (1).
  • Hiroi, N., Ito, T., Yamamoto, H. Ochiya, T., Jinno, S., and Okayama, H. Mammalian Rcd1 is a novel transcriptional cofactor that mediates retinoic acid-induced cell differentiation. EMBO J. (2002) 21 (19).
  • Hiroi, N., Maruta, H., and Tanuma, S. Fas-mediated apoptosis in Jurkat cells is suppressed in the pre-G2/M phase. Apoptosis (1999) 4 (4).

主な国際・国内活動

  • Biothermology Workshop コアメンバー
  • 定量生物学の会 コアメンバー
  • 日本薬学会会員
  • Cambridge University Biological Society, Life Member

お問い合わせ

TEL0836-88-3500

〒756-0884 山口県山陽小野田市大学通1-1-1