緒方 浩二（Koji Ogata）

職名	教授　(Professor)
学位	博士（理学）
専門分野	生物物理 計算機シミュレーション 分子設計
略歴	東京理科大学理工学研究科情報科学専攻修士課程修了 協和発酵工業株式会社 北里大学薬学部　助手 ブリュッセル自由大学生物学部　ポスドク 三菱化学株式会社（ゾイジーン株式会社出向）研究員 トロント小児科病院　計算生物学センター Bioinformatics analyst・研究員 国立研究開発法人理化学研究所　中村特別研究室　研究員
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SDGsの取組み

主な研究課題

シミュレーションを用いた生体分子のダイナミクスとその機能の解析

計算機シミュレーション、特に、分子動力学シミュレーションを用いて、生体高分子のダイナミクスとその分子の機能との関係について解析を行っている。具体的には、細胞膜を形成している生体膜や膜蛋白質であるイオンチャネル、光合成蛋白質であるPSII複合体等のシミュレーションを行い、それらの熱力学的挙動の解析を行っている。現在、これらの解析結果を分子設計へうまく活用する方法等を考えている。

計算機を用いた疾患関連蛋白質に作用する薬物の創出

創薬における前臨床までの工程において、計算機を用いて薬の種となる化合物を見つけ出す試み、特に、ヒット化合物の探索とその最適化法の開発を行っている。また、結合自由エネルギーや化合物の膜透過性の指標となる水・オクタノール分配係数の計算精度の向上への試みを行っている。これらの計算手法を繫合せて、疾患関連蛋白質の機能を制御する薬物の探索を効率よく行うプロトコルの開発を行う予定である。また、より高い確度で標的蛋白質に結合する化合物を見つけ出すために、シミュレーションによって得られた情報を分子設計に用いることを考えている。

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主な著書・論文

• Hatakeyama, M., Sakamoto, Y., Ogata, K., Sumida, Y., Sumida, T., Hosoya, T. and Nakamura, S. Study on Unusual S_N2 Mechanism in Methylation of Benzyne through Nickel-Complexation. Phys. Chem. Chem. Phys., 19, 26926-26933, 2017.
• Sakaguchi, H., Ogata, K., Isomura, T., Utsunomiya, S., Yamamoto, Y., and Aihara, K. Boltzmann sampling by degenerate optical parametric oscillator network for structure-based virtual screening. Entropy, 18, 365, 2016.
• Ogata, K., Hatakeyama, M., Jin, F., Zeng X., Wang, Y., Fujii, K., and Nakamura, S. A Model Study of Hydrothermal Reactions of Trigonal Dipyramidal Zn5 Cluster with Two Water Molecules. Comp. Theor. Chem., 1070, 126-131, 2015.
• Ogata, K., and Nakamura, S. Improvement of Parameters of the AMBER Potential Force Field for Phospholipids for Description of Thermal Phase Transitions. J. Phys. Chem. B., 119, 9726-9739, 2015.
• Kitamura, K., Tamura, Y., Ueki, T., Ogata, K., Noda, S., Himeno, R., and Chuman, H. Binding Free-Energy Calculation is a Powerful Tool for Drug Optimization ~Calculation and Measurement of Binding Free Energy for 7-Azaindole Derivatives to Glycogen Synthase Kinase-3β ~. J. Chem. Info. Model., 54, 1653-1660, 2014.
• Ogata, K., Uchida, W., and Nakamura, S. All-atom Molecular Dynamic Simulation of Phospholipid Bilayer for Understanding in Atomic Details across Thermal Phases, J. Phys. Chem. B., 118, 14353-14365, 2014.

主な国際・国内活動

• 日本生物物理学会会員
• 日本薬学会
• Biophysical Society
• American Chemical Society