末永　敦（Atsushi Suenaga）

職名	教授　(Professor)
学位	博士（工学）
専門分野	計算化学（分子シミュレーション） バイオインフォマティックス
略歴	東京理科大学　基礎工学部　生物工学科　卒業 東京理科大学大学院　基礎工学研究科　生物工学専攻　博士前期課程修了 東京理科大学大学院　基礎工学研究科　正粒工学専攻　博士後期課程修了 理化学研究所　基礎化学特別研究員 産業技術総合研究所　産総研特別研究員 理化学研究所　基幹研究員 産業技術総合研究所　招聘研究員 日本大学　准教授
研究者データベース	詳細はこちらから
SDGsの取組み

主な研究課題

コンピューターシミュレ―ションによる生体高分子の構造と機能の関連性の研究

生体高分子は、生命活動において非常に重要な働きをしています。その構造は複雑で、生体内で絶えず動いています。そのような生体高分子の動きをコンピューター上で再現し、構造と機能の関連性について研究しています。それら研究成果を様々な疾病の原因解明や新規医薬品の創薬基盤技術構築、新規治療法の確立に役立てることを目指しています。

主な著書・論文

• Hiroshi Sawada, Keisuke Mase, Rimi Koyama, Atsushi Suenaga. "Inhibitory Effect on RT-PCR and Restriction Enzyme Activity by Ommochrome and Its Mechanism." Zoolog. Sci., 40, 431-436. 2023.
• Ryuma Sato, Koji Suzuki, Yuichi Yasuda, Atsushi Suenaga, Kazuhiko Fukui. "RNA apt3D: RNA aptamer 3D-structural modeling database." Biophys. J., 121, 4770-4776, 2022.
• Kazuya Jibiki, Takashi Kodama, Atsushi Suenaga, Yota Kawase, Noriko Shibazaki, Shin Nomoto, Seiya Nagasawa, Misaki Nagashima, Shieri Shimodan, Renan Kikuchi, Mina Okayasu, Ruka Takashita, Rashid Mehmood, Noriko Saitoh, Yoshihiro Yoneda, Ken-ichi Akagi, Noriko Yasuhara. "Importin α association with chromatin: Direct DNA binding via a novel DNA-binding domain." Genes to Cells, 26, 945-966, 2021.
• Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji. "Evaluation of protein-ligand affinity prediction using steered molecular dynamics simulations." J. Biomol. Struct. Dyn., 35, 3221-3231, 2017.
• Kazutaka Araki, Atsushi Suenaga, Hidewo Kusano, Riko Tanaka, Tomohisa Hatta, Tohru Natsume, Kazuhiko Fukui. "Functional profiling of asymmetrically-organized human CCT/TRiC chaperonin." Biochem. Biophys. Res. Commun., 481, 232-238, 2016.
• Yutaka Kuroda, Atsushi Suenaga, Yuji Sato, Satoshi Kosuda, Makoto Taiji. "All-atom molecular dynamics analysis of multi-peptide systems reproduces peptide solubility in line with experimental observations." Sci. Rep., 6, 19479, 2016.
• Dmitry Nerkh, Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji. "Ligand diffusion on protein surface observed molecular dynamics simulation." J. Phys. Chem. Lett., 3, 3476-3479, 2012
• Saori Akiyama, Atsushi Suenaga, Takayuki Kobayashi, Tetsuya Kamioka, Makoto Taiji, Yutaka Kuroda. "Experimental identification and theoretical analysis of a thermally stabilized green fluorescent protein variant." Biochemistry, 51, 7974-7982, 2012.
• Atsushi Suenaga, Noriaki Okimoto, Yoshinori Hirano, Kazuhiko Fukui. "An efficient computational method for calculating ligand binding affinities." PLoS ONE, 7, e42846, 2012.
• Fuyu Ito, Kengo Usui, Daigo Kawahara, Atsushi Suenaga, Tei Maki, Satoru Kidoaki, Harukazu Suzuzki, Makoto Taiji, Masayoshi Itoh, Yoshihide Hayashizaki, Takehisa Matsuda. "Reversible hydrogel formation driven by protein-peptide-specific interaction and chondrocyte entrapment." Biomaterials, 31, 58-66, 2010.
• Noriaki Okimoto, Noriyuki Futatsugi, Hideyoshi Fuji, Atsushi Suenaga, Gentaro Morimoto, Ryoko Yanai, Yousuke Ohno, Testu Narumi, Makoto Taiji. "High-performance drug discovery: computational screening by combining docking and molecular dynamics simulations." PLoS Comput. Biol., 5, e1000528, 2009.
• Atsushi Suenaga, Mariko Hatakeyama, Anatoly B. Kiyatkin, Ravi Radhakrishnan, Makoto Taiji, Boris N. Kholodenko. "Molecular dynamics simulations reveal that Tyr-317 phosphorylation reduces Shc binding affinity for phosphotyrosyl residues of epidermal growth factor receptor." Biophys. J., 96, 2278-2288, 2009.
• Atsushi Suenaga, Tetsu Narumi, Noriyuki Futatsugi, Ryoko Yanai, Yousuke Ohno, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji. "Folding dynamics of 10-residues β-hairpin peptide chignolin." Chemistry - An Asian J., 2, 591-598, 2007.

主な国際・国内活動

• 日本蛋白質科学会